- Posts: 3
Martinize2 error - Building system for 100 chains
- kesavan
- Topic Author
- Offline
- Fresh Boarder
Less
More
8 months 4 weeks ago #9660
by kesavan
Martinize2 error - Building system for 100 chains was created by kesavan
Hi Everyone,
I am trying to coarse-grain a protein with 100 chains using martinize2 but got an error during the grompp minimization step stating
Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer
passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '; CCCCCCCSSSCSSCSCSS'
the martinize2 has built all the 100 chains in a single file rather than separate files. I tried with -sep also it still dint build the files separately.
Could anyone help me out with this error?
Thank you
with regards
Srinivasan
I am trying to coarse-grain a protein with 100 chains using martinize2 but got an error during the grompp minimization step stating
Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer
passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '; CCCCCCCSSSCSSCSCSS'
the martinize2 has built all the 100 chains in a single file rather than separate files. I tried with -sep also it still dint build the files separately.
Could anyone help me out with this error?
Thank you
with regards
Srinivasan
Please Log in or Create an account to join the conversation.
- fgrunewald
- Offline
- Admin
Less
More
- Posts: 17
8 months 4 weeks ago #9661
by fgrunewald
Replied by fgrunewald on topic Martinize2 error - Building system for 100 chains
Hi Srinivasan,
The issue is likely the comment line at the top of the itp file. If you delete that line it should work. If you are using an elastic network or your molecules are connected in any other way you will always get a single itp file.
If this issue persists, could you please raise an Issue on GitHub github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/issues and provide the martinize2 version, the molecule(s) (i.e. PDB files) you are trying to martinize2, as well as, the exact command.
Cheers,
Fabian
The issue is likely the comment line at the top of the itp file. If you delete that line it should work. If you are using an elastic network or your molecules are connected in any other way you will always get a single itp file.
If this issue persists, could you please raise an Issue on GitHub github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/issues and provide the martinize2 version, the molecule(s) (i.e. PDB files) you are trying to martinize2, as well as, the exact command.
Cheers,
Fabian
Please Log in or Create an account to join the conversation.
- kesavan
- Topic Author
- Offline
- Fresh Boarder
Less
More
- Posts: 3
8 months 4 weeks ago #9662
by kesavan
Replied by kesavan on topic Martinize2 error - Building system for 100 chains
Hi Fabian,
Thank you for your reply. I don't see any commented line in the itp file. It looks like this ;
This file was generated using the following command:
; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep
; martinize with vermouth 0.9.1
; The following sequence of secondary structure
; was used for the full system:
; CCCCCCCSSSCSSCSCSSSCCCSSCSSCCSCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCSSTTCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSCSSSSSSCCCCCSSCCCCCCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSSSSCSCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCSCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCCCCCCSCCSCCCSCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCSSCCCCSCSSSCCCCCCCCCSSSCCCSCSSSSSCSSSCSSSCCCCCCCCCCCCCSSSSCCSCCCSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCSCCCCCCCSSSCCSCCCSSSCSSCSSSSSSCSCCCCSCCCCSSCSSCCCCTTSSCCCCCCCCCCCCSHHHHSCCCSSCCCCCCSCCCSCCCCCSCCSCCCSSSCCCCSSSSSCCCCCCSCSSSTTSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSSSCCSSCSSCCSSSCCSSSCSSSCCCCCCCCCSSSCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCSSSSCSCCSCCSCSSCCSCSSTTCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCCCCSSCSCSSCCCCCCSSSSCSCCCCCCSCCCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSSCCSSSSSTTCCCCCSSSCCSCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSSSSCCSCCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCSCCCSSCCCCCSCCCCCSSCCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSTTTCCCCSCSTTCSSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSSCCTTTTTTCCCCCSSCCCCCCSSCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCCCSSCCSSSSCSCCSCSSSCCCSCCCCSCCCCCCCSSSSCSSCSCCSCSSCCSSSSSSSSCSSCCSSCCCCCTTSSSCCSCCCCSCCCCSCSSSSCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCSSCSSSCSSCCCCCSSSCCCCSCCCSSSBCSSSSCBCCCCSCCCSCCSCCCCSSTTCCCCCCCCCSSCSSSSCCCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSCSSSCCCSCSCCCCCCCSCCSSCCSSCSCCCCSCCCSSCCCCCSSTTCCCCSCCCCTTCSSCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSTTTCCSSSSSCCCSSCSSSSSSSCCSSSCCCCCCCSSCCCCSSSSSCCCCSCCCCSCCCCCSSSSCCCCCCCCCCSSCSCSSCSSCCCSSCCCCCCSCSCSCSSCCCCSSSCTTTTCSCCSSSSSCCSSSCCCCSCCCSSSCCCCCCSSCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCSCSSSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSSCCSSCSSSSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCTTCCCCCSSSCCCSCCCCCSSCSCCCSSSCCSSCSSTTSCCSCCCCCSCCSSSCSSCCCSSCCCSCSCSBTTBCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCSCSCCSSCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCSSTTTTCCCCSCCSSSCCSSCSCSCCCCCCCTTSCCCCCCCSSCCCSSSSSCCCSCSCSCCTTCCSSCCCCSSCSCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCSCCCSSCCCCSCCCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCCCCSCCCCSSCSSSCSSCCCCCCCCCCSCCCSSSCCSSSCCCCSCSSCCCCSSSCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCSCSSCSCCCSCCSCCSSSCCCSSCSSSCCCCCCCTTCCSCCSSCCCSCCCSSCSCCCSSSCSCCCCCCSSCCCCTTTTSSCCSSCSSCCCCCCSCCCCCSSCCCCCCSCSSCSCCCCSCSSSSCCCTTCSCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSCSSCCCSSCCSCCSCCCCCSSSCCCCSCCSSTTCCCCSCCCCSSSCSSCCCCSSCSSSTTCSSSCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSSSCSSSSSTTCSCSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSCCCSCCSSCCSSSSCSCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSTTSCCCSSCSSCCCSSCCCCTTSCSSCCCCSSSCSSTTCCCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCCCCCSCCCCSCCCSSCSCCSCSCCSSSSSSCCSSCCCCCSCSCSSCCSSSCCSCSSSCSSSSCCCSSCCCTGGGCSCCCCSSSSCCCCCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCCSCCCCSCCCCCCCCSSSSSSCSCSSSCCSSSCCCCCCSSCCSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSCCSSCSSCCSCSCSCCCCCSSSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSSSCCSSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSSCCCCCCSSCCCSTTCCCCCSSCCSCCCCSSSSTTCCCCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSCCCSSSSCSCCSSCCCCCCCCSCCCSCSSCSCCCCCSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCTTCCCCCSCCSCCSCCCSSCCCSSSSSCCCSCCCSCCSCSCCCSSSSSCCCCCCSCCCSCCTTCCSSCSSSCCSCCCSCSSCTTCCCCCSSSCCCCCCCSSCSSCSSSCSSSSCCSSSCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSCSCCSSCCCCSCSCSCCCSSSSCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCSSCSCSSCCCCSCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCSSSSSCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSSCSCCCSSCCCCCCCSSCCSSCCCSSCCSCCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCSTTCCSSCCSSCCSCCCCSCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCSTTTTSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCCCSSSCCCCSSTTCCCCCCSSSCCCSCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCSSSCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCCCCSSCCSSSSCSSCCSSSSCCSCCCCSSSCSCCCSSSCCCSSCSSCCCSSCCCSCSSSCCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCSCCCCCSSCCCCSSSSCCCSSCCCSSSCCCSSTTTTCCCSSSSSCCCCCCSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCSSCCCSSCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSCSCCCCCCCCCSSCSSSCSCSSCSSCCCCSSCCSCCCCCCCCSSTTTTCSSSCCSSCCSSSCCSCCCCSSCCSSSCTTSCSCCCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCTTCCCCCSCCSSCCCCCSSSCCCCSCSSCSSSSCSSSCCCCSSSSCCSSSSCCCCCCSSCCCSSCSSCSCCSCCCSSCCCSCCSCSSCCCSSTTSSCCSSCSSCCCSSGGGCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCSCSCSCCCCCSSCCSCCCCCSSSSSCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSCCCCCSSCCSCCCCSSCSSCCSSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSSCCSCSSSSCSSCCCCCCCCSSSSCSCCSCSSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCCSSCCCCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCSSCCTTSCSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCCCSSCCSSCCSCCCCSCSCSSSCSSSSCCCCCSCCCSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSTTTCCSCCCCCCSSCSCCCSSCCCCCSSTTCCCSSCCCSSCCCCCSSSCCSSSCCCCCSSCSSCCCSSSTTSCSSSCCCCCCCCCSSCCCCSTTSCCCCCCCCCCCCSCCCCSSCCCCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCSSSSSSCCCCSCSSCCCCCCCSSCCTTSSCCSCCSSSCCCCCCSSSCSSCCSSSCSTTSSSSSCCCSSTTCCCCSSCCSSCCSCCSCSSSCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCSSSCCCCCCCCCSCSCCSSCCCSSCCCCCCSSCSSCCCCTTCCSCCCSSCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCSSSSSCSCCCCSCSSSSCCSCSSCBTTBCCSSCCCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCSCCSSSCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSCSCCCCCCTTTCCCCCSCSSSSSSCCCTTSCCCSSCCSTTCSSCCCSSCCCCCCCCSSSCSCCSTTSCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSSCTTTSSSSSSSCCCCCCSSCCCCSSCCSSCCCCCSSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSCCCCSSSSCSCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSSSCCCSCCCCTTTSCSSSSCCSCCSSCCSSSSCSSCSSSCCCCCCSSSCCSSSSCSSSCCSCSSCCCSSSCSSSCCCSCCCSCCSCSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSSSSSCCCSSSCSCCCCSSSCSSSSSCSSCSCCSCCCCCCCSCSCCSCCCCSSSSCCCCCCCCCSSCCCTTSCCCCCSCCCCCSCCCSSCSSCCCCSSCSSCCCSSCSSCCSSSSCCSSSSCCSSCCCSSSSSSSCCCSCCCSCCSSSSCCCCCCCCSSSCCCSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCTTCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCCCSCCCCCCSSSTTTCSSCCSSCCSCCCSCSSCSSSCSCCSCCCCCSCCCSSSCSSSSCSSCSSSCCSCSCSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCTTSSCCCSSSSSSSCCCCTTCCSCSSSCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCCSSCCSCCCCSCSSSSCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCTTSCCCCCCCCCSSCCSCSSTTTSSSCCSSSSCSSCSSSCSSCCCCCCSCCCCSSSCCCCSCSCCCCSSSTTCCCSCCSSSCSSCCSCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSCCSCCSCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSSSSCCSCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSSGGGCSCCCCSSSCSCCCCSSSCCSCSSSCCSSCSSSCCCCCCCCCCTTCCCSCCCCCCCCCCCCCCSSTTSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSCCSCCCSSCCCSCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCSCSSCCSCCCSSSSCSCCCCCCCCCSSCCSCCCSCSSSCCCCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSSSCCSSCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSCCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCTTTSCCCSSSCCSSSBTTBCCSSSCCSCCSSCCCCSSCCSSSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSSCSSCCSSSCCSCCCCCCCCSCCCTTCSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCSSCCCSCCCCSSSCSCCCCCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCCCSSSSCSCCCCCCSSSSSSCCCCSSSSSSCCCSSCCCSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCCCCSSCCCCCBSSSSCCCCSSSSSSCCSCCSSCCCCCCSCCSSTTCCCCCCSCSTTCCSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSSSCCSSSSSSCCSSSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCSTTCCCCCCSSSCCCCSCCSCCCCCCSSSTTCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSCSSCSCCTTSSSCCSSSCCCSSCSSSSSCCCCSSCCSCCCCSSCCCSSCSSCCSCCSCCCCSSCCCCCSSSSCCTTCSCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSSSCCSCSSCSCSSSSTTCSSCCSCCCCCSCCCCSCCCCCSSCSCCCSSSSSCCCCCSCSSCCSSCSSCCSSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCCCSSCCCTTCCSCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSCSSCSSCSCCSSCCCCSCCCCSCSSSCCCTTCCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCCCCSSSCCCSSSCCSSSCSSCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCSSCCCSSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSSTTTCCCCSCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSCCCCCSCCCSCSSCCSCCSSCCSCCSCCCCSCCSSCSCCCSSCCSCSSSCCCCSSSSCSSCSSSSCSSCSSSCSCSSCCCCCCCSSSSSCSSSCCCCCCCCCCSCSCSSCCSSSCCCSSCCCSSCSCSSSCCCCCSSSCCSSSSSCCSSCCSCCCCTTCSCSSCSSCSSCCSSSTTSCCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCTTSCSSCSSSSSSSCCCSSCCSSCCCCCSSCSSSSSCCCCCCCCSCCCCCCTTSCSSSSCSSCSSSSCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCSSCCSSTTCSCCTTTTSCCCCSCCCCSSSTTCCCCCSSSCCSCSCCCSSCCSSCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCBCSSSCCSCSCCCSCCCCSCSSCCCSSCCCCCCSCCCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSSSSSCSSCSSSSCCCCCCSCSCCCCSSCBSSSSCCCCCSSSCCSSSCSSSSCCCCCSSSCCCTTSSCSSSCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCTTSCCCSCCCCSSSSCCCCSSCSSSSCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSSSCCCCSCCSCCSCCCSCCSSCSCCCSCCCCSCSCCCCSSCCSCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCSSCSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSSCSSSCCSCSSSCSSSCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCSTTTSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCSSSSSCSSSCCCCSCCCCSTTTCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCSSCCSSSCSCCCCSSSSSCCCSSSSCCSCCCCSSSCCSSSSCCCCSSTTCCSCCCCCCCCCSSSCCCTTSSSCSCCCCSSCCSSCSCSCCSSCCCCCCSSSSCSTTSCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSSCSCCCSSCSSCCSSSSCCCCCCSCCCSSSCCCCCCSSSCSSCCCSSCSSCSSCCCCCSCCSCCCSCCCCSSSCCCSSCCCCCSSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCSCCCSSCCSSSCCCCSCCCCSSSSSSCSCCSSSCCCCSSCSSCCSCSCCCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCSSSSCCSSSSSSSSSCCSCCSCCCCSCCSCCCSSSSSSCCSCCSSSCCCSCCCCSSSCCSSCSSSCCCCCCCSCSSCCSCSSCCCCSSCCSSCSCSSCSSSCCSSSSSSCCSSSSSCCCSSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSCSSCCSCSSSCCSCSCCCSSSCCCCSSTTSCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCTTSSCSSCSSSSCCCCCCCCSCSCSSCCCSCCCSCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCSSCCSSCCCSCCCSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCCCSCCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSCCCSCSCCSSSCSCCCCCCSSSCCCCCSSCCTTSCCCCSSCSCCCSSSCSCCCCSCCSCCSSSCCCSSCSCSCSCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCSSCCSSCCCCSSCCCSSSCCCSCCSSSSCCSSCSSCSSCCCCCCCCSCSSCCCCCCCCSCCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSCCTTSSSCSSCSSSCCCCCSSCSCSCCCCSSCSSCCSSCSSCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSCCCCSTTSCSCSCCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSCSCCCCCCSSCCCCCSSCCSCSSSCCSSCSCCCCCSCCCCCCCSSTTCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCCSSTTSSSSCCCCCTTCCCSTTCCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCSSCSSSSSSSCCCSSSSSCSSCCCCCSCCCSCSSCSSTTCSSSCCCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCCCSCCSSCCCCSCSCCCCCCCCCSCCCSSCCSCSCSSSCCSCCCCSCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCSSSCSSCCCCCSCCCSSCTTCCCCCCSSCCCCCCSCSSSSSCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCSSCCBSSCCCCTTSSSCCCCCCSCCCCSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSCCSSSSSSCCCCSCCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSTTCCCCCCSSCSSSSCCCCCCSSCSCCSSSCCCSCCCCCCSSCSSSCSSCCSSSCCTTSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCSSSCCSSSCCCCCSSSCCCCCSSCSSCSCCCCSSSCSSCCCCSCSSCCCCCSSCSSSCSSSSCCCCCCCSCCSSSCCSCCCCCCCCSSCCSCCCCSSCCCCCSSCCCCCCCSCCSCCCSSSCSSSCCCCSSCCCSSCCSSSSCSSSCCCCCCSSSSCCCCCSCCCSSSCCSSCCCSCSCSSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSSCSCSSSCCCTTSSSSSSCCCSSSSSSCCCCSCCCCSCSSCCCSSSCSSCCCCCCCCCSCSCCCCCCSSCCCCCSCCCSSSCCCSSSCSSCCSCSCCCCCCCSSCCCCCSSSSTTCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCSSSSSCCCSCSSSTTTCCCCCCSSSSSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCCCCSCSSSSCSSSCCCCCSSCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSCCCCCSCSSCCSTTCSCCSSTTTCTTCCCCSSCSCSSCTTSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCSSCCCSSCCCCSSCSSSSCTTTTCCSCSCSCCSSCCCSSSCCCCCCCSCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCSCCSCCCSCCCCCCCCCCSSSCSCSSSCSCCCSTTCCSCCSCCSCCSSCSSCCSSSSSTTCCCSSSCSSSSCSSSSCSSSSCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCSCSSSCCCCCCSSSSCCCSSSSCSCCCCSSCCSSTTCSSSCCCSCCCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCSCCCSSSSCCSCCCCCCCCCCSSSSCCSTTCSSCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSCSCCSSCCSCCCCSSSSCCSCCSSCCCCCSSSSCCSSSSSSSCCSSSSSCSSCSCCCSSCCCCCSCSSSSSSSSSCSCCSSCCSSCCSSSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCSSSSSSSCCCSSCCCCCSSCSCCSCSCSSCSCCCCCSSSSCSCCSSSSCSSCSSCCCCSSCSSCSSCCSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCSSCSCCCTTSSSSCCCCSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCSSCCSSCTTCSSSSSCSSTTSSCCCCSCCCCSSSCCSSCSCCSCSCCCSCSSSCCCCCSCCCCCSSCCCCSCCCSSTTCCCCSSCCCCCCCBTTBCSSSCCCCSCCCCCCCSSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSCCCCCCCSCCCSCSSSCCCCSCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCSSSSSCCCCSCCCCCTTCSSCCSSSSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCSSCSSCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSSCCCCCCCSCCSCCSCSCSCCCSSSCCCCCSCCCSCCTTSCCSCCCCCCSCCSSSCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSCSCCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCSCCCCCCSCSSSSSCSSCCCSSCCSCCCCSCCSSTTSSCSCSCCCSSSCTTCCCSSCSSCCCCSCCCSSCCCSSSCSSSCSSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCSCCCCCCCSCCSCCCCCCSSCSCSSSSSCCCSCCSCCSSCSCSCSSCCCCSCCSTTSSSCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCCCCCSCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCSCTTCCCCSCSSSSSSSSCSSCSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCCSSSCCCCSSSSSSSSCCCCCCCSSCCSCCCCSCCCCSSSSSSCSSCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCSCSCCCCCSSCSSCSCCSSSCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCCCSSSSSCCSCCCSSSSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCSCSSSCCCCCCCCCSCCSSGGGCTTCCCCCCCCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSCCCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCCCCCCSCSSSSCCCSSSCCCSCSSSCCSSSSSSCCCSSCSCSSCCCCSSCSSCCCCCCCSCSSCCSCTTCCSCSCSSSCCSSCCCCCCCCCCSCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSSSSCCSSSCCCCSSSCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCSSCSCCCSCCSSCSCSTTSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSCCCCCCSCCCCSCCSSSCSCSSCCCCCSSSCCSCCSCCSSSCCCCCSCSCCCSCCCCSSCCSSSCSSCCCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCCCSCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCSCSSCCSSSSSSSCCCCCCCCCSSCSSSCSCCSSSCSCCCCCSSSSCCSSCCSCSSSSSSSCSCCCSSSSCCSCSCCCCCCCCCSSSSCSSSCSSCCSCCCCCSCCSCSSCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCSCCCSSCCSSCSSSSCCSCCSCCCCCCCCCCSSCCSTTCCCTTSCCCSSCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSSSSSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCSSCSCCCCCCCCCSCCCSSSCSCCCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSTTSCSCCCSSCCCSCCCTTTTTSCCCCCSSCCSCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCSSSCCCCSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCCCCSCSCCCCCSCCCSSCSSCCSSSCCSCCCSSCSSCCCSSSSCCCCCCSSSSSCSSCCSSCCCCCSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCSSCSSCSCCSCCCCCCCCSTTTTSSCCCCCSSCCCSCCCCCSCCGGGCSSCCCCCSSCCCCTTCSCSSSCSSSCSSCCSSCCCSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCSSCCCSSSCCCCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCCCCSSSCCCSCCSCCCCSSSCCCCCSSSCCSSSCCCSCSSSCSCCSSCSSCSSSSCCCSTTCSCSSCCCCSSSCSSSCCCCCSSSCCSCCCCCCSCCCCSSCCSSCCSSSCCCSSSCCSCSSCCCCCCCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCCCCTTCSSSSCCSSSSSSCCCCCSSCSCCCSCCCCSSSTTCSCSSCCCSSCSCCCSSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCCSCCCSCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCSCCCCSSCSSCCCCCCCSSCCSCCSCCCCCCSTTTCSTTCCSSSCSCCSSSCSCCCSCSSCCSSCSCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCSCCCSCCSSSSCSCCCCSSCCCCCSSCSSCSSSSCCSSCCCCCCCCCCCTTTCCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSSSCCSCCSSCCCCCSSSCCCSCSCSCCCCTTCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCSCCCCCCCSSSCCSSSCSSCSSSCSCSSSCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCTTSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSCCSCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCSSCSSSCCCSSSSTTSCSCCCCSSCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSCCCSSCCCCCSSSSCCSCCCCCCCCCSSSSCCCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCSSCSSSCSCCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCSCCSCSSSCCSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSSCSCCCSSSSCSSSSSSCCCCCCCSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCSSCSSSSSCCCSSCSCCCCCSSCSCSSCCSSSCCCCSCSSCSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSSSCCCCCSSCCSCCCSSCCCSSCCSCSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSCSCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSCCSSCCCCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSCSCCSCCSSSSSCCTTCCTTCCCSSCCCCCSSCSCCCCSCCSSSSCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSCSCCSSSCCSSSCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSSCCCSCSCCCCCC
; Pleas cite the following papers:
; Souza, P C T; Alessandri, R; Barnoud, J; Thallmair, S; Faustino, I; Grünewald, F; Patmanidis, I; Abdizadeh, H; Bruininks, B M H; Wassenaar, T A; Kroon, P C; Melcr, J; Nieto, V; Corradi, V; Khan, H M; Domański, J; Javanainen, M; Martinez-Seara, H; Reuter, N; Best, R B; Vattulainen, I; Monticelli, L; Periole, X; Tieleman, D P; de Vries, A H; Marrink, S J; Nature Methods 2021; 10.1038/s41592-021-01098-3
[ moleculetype ]
molecule_0 1
The molecules are not connected. I tried with the martini2 version and it worked correctly. But for martini3 it shows like this.
Thank you for your reply. I don't see any commented line in the itp file. It looks like this ;
This file was generated using the following command:
; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep
; martinize with vermouth 0.9.1
; The following sequence of secondary structure
; was used for the full system:
; CCCCCCCSSSCSSCSCSSSCCCSSCSSCCSCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCSSTTCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSCSSSSSSCCCCCSSCCCCCCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSSSSCSCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCSCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCCCCCCSCCSCCCSCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCSSCCCCSCSSSCCCCCCCCCSSSCCCSCSSSSSCSSSCSSSCCCCCCCCCCCCCSSSSCCSCCCSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCSCCCCCCCSSSCCSCCCSSSCSSCSSSSSSCSCCCCSCCCCSSCSSCCCCTTSSCCCCCCCCCCCCSHHHHSCCCSSCCCCCCSCCCSCCCCCSCCSCCCSSSCCCCSSSSSCCCCCCSCSSSTTSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSSSCCSSCSSCCSSSCCSSSCSSSCCCCCCCCCSSSCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCSSSSCSCCSCCSCSSCCSCSSTTCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCCCCSSCSCSSCCCCCCSSSSCSCCCCCCSCCCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSSCCSSSSSTTCCCCCSSSCCSCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSSSSCCSCCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCSCCCSSCCCCCSCCCCCSSCCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSTTTCCCCSCSTTCSSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSSCCTTTTTTCCCCCSSCCCCCCSSCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCCCSSCCSSSSCSCCSCSSSCCCSCCCCSCCCCCCCSSSSCSSCSCCSCSSCCSSSSSSSSCSSCCSSCCCCCTTSSSCCSCCCCSCCCCSCSSSSCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCSSCSSSCSSCCCCCSSSCCCCSCCCSSSBCSSSSCBCCCCSCCCSCCSCCCCSSTTCCCCCCCCCSSCSSSSCCCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSCSSSCCCSCSCCCCCCCSCCSSCCSSCSCCCCSCCCSSCCCCCSSTTCCCCSCCCCTTCSSCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSTTTCCSSSSSCCCSSCSSSSSSSCCSSSCCCCCCCSSCCCCSSSSSCCCCSCCCCSCCCCCSSSSCCCCCCCCCCSSCSCSSCSSCCCSSCCCCCCSCSCSCSSCCCCSSSCTTTTCSCCSSSSSCCSSSCCCCSCCCSSSCCCCCCSSCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCSCSSSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSSCCSSCSSSSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCTTCCCCCSSSCCCSCCCCCSSCSCCCSSSCCSSCSSTTSCCSCCCCCSCCSSSCSSCCCSSCCCSCSCSBTTBCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCSCSCCSSCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCSSTTTTCCCCSCCSSSCCSSCSCSCCCCCCCTTSCCCCCCCSSCCCSSSSSCCCSCSCSCCTTCCSSCCCCSSCSCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCSCCCSSCCCCSCCCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCCCCSCCCCSSCSSSCSSCCCCCCCCCCSCCCSSSCCSSSCCCCSCSSCCCCSSSCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCSCSSCSCCCSCCSCCSSSCCCSSCSSSCCCCCCCTTCCSCCSSCCCSCCCSSCSCCCSSSCSCCCCCCSSCCCCTTTTSSCCSSCSSCCCCCCSCCCCCSSCCCCCCSCSSCSCCCCSCSSSSCCCTTCSCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSCSSCCCSSCCSCCSCCCCCSSSCCCCSCCSSTTCCCCSCCCCSSSCSSCCCCSSCSSSTTCSSSCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSSSCSSSSSTTCSCSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSCCCSCCSSCCSSSSCSCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSTTSCCCSSCSSCCCSSCCCCTTSCSSCCCCSSSCSSTTCCCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCCCCCSCCCCSCCCSSCSCCSCSCCSSSSSSCCSSCCCCCSCSCSSCCSSSCCSCSSSCSSSSCCCSSCCCTGGGCSCCCCSSSSCCCCCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCCSCCCCSCCCCCCCCSSSSSSCSCSSSCCSSSCCCCCCSSCCSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSCCSSCSSCCSCSCSCCCCCSSSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSSSCCSSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSSCCCCCCSSCCCSTTCCCCCSSCCSCCCCSSSSTTCCCCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSCCCSSSSCSCCSSCCCCCCCCSCCCSCSSCSCCCCCSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCTTCCCCCSCCSCCSCCCSSCCCSSSSSCCCSCCCSCCSCSCCCSSSSSCCCCCCSCCCSCCTTCCSSCSSSCCSCCCSCSSCTTCCCCCSSSCCCCCCCSSCSSCSSSCSSSSCCSSSCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSCSCCSSCCCCSCSCSCCCSSSSCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCSSCSCSSCCCCSCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCSSSSSCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSSCSCCCSSCCCCCCCSSCCSSCCCSSCCSCCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCSTTCCSSCCSSCCSCCCCSCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCSTTTTSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCCCSSSCCCCSSTTCCCCCCSSSCCCSCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCSSSCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCCCCSSCCSSSSCSSCCSSSSCCSCCCCSSSCSCCCSSSCCCSSCSSCCCSSCCCSCSSSCCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCSCCCCCSSCCCCSSSSCCCSSCCCSSSCCCSSTTTTCCCSSSSSCCCCCCSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCSSCCCSSCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSCSCCCCCCCCCSSCSSSCSCSSCSSCCCCSSCCSCCCCCCCCSSTTTTCSSSCCSSCCSSSCCSCCCCSSCCSSSCTTSCSCCCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCTTCCCCCSCCSSCCCCCSSSCCCCSCSSCSSSSCSSSCCCCSSSSCCSSSSCCCCCCSSCCCSSCSSCSCCSCCCSSCCCSCCSCSSCCCSSTTSSCCSSCSSCCCSSGGGCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCSCSCSCCCCCSSCCSCCCCCSSSSSCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSCCCCCSSCCSCCCCSSCSSCCSSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSSCCSCSSSSCSSCCCCCCCCSSSSCSCCSCSSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCCSSCCCCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCSSCCTTSCSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCCCSSCCSSCCSCCCCSCSCSSSCSSSSCCCCCSCCCSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSTTTCCSCCCCCCSSCSCCCSSCCCCCSSTTCCCSSCCCSSCCCCCSSSCCSSSCCCCCSSCSSCCCSSSTTSCSSSCCCCCCCCCSSCCCCSTTSCCCCCCCCCCCCSCCCCSSCCCCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCSSSSSSCCCCSCSSCCCCCCCSSCCTTSSCCSCCSSSCCCCCCSSSCSSCCSSSCSTTSSSSSCCCSSTTCCCCSSCCSSCCSCCSCSSSCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCSSSCCCCCCCCCSCSCCSSCCCSSCCCCCCSSCSSCCCCTTCCSCCCSSCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCSSSSSCSCCCCSCSSSSCCSCSSCBTTBCCSSCCCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCSCCSSSCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSCSCCCCCCTTTCCCCCSCSSSSSSCCCTTSCCCSSCCSTTCSSCCCSSCCCCCCCCSSSCSCCSTTSCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSSCTTTSSSSSSSCCCCCCSSCCCCSSCCSSCCCCCSSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSCCCCSSSSCSCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSSSCCCSCCCCTTTSCSSSSCCSCCSSCCSSSSCSSCSSSCCCCCCSSSCCSSSSCSSSCCSCSSCCCSSSCSSSCCCSCCCSCCSCSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSSSSSCCCSSSCSCCCCSSSCSSSSSCSSCSCCSCCCCCCCSCSCCSCCCCSSSSCCCCCCCCCSSCCCTTSCCCCCSCCCCCSCCCSSCSSCCCCSSCSSCCCSSCSSCCSSSSCCSSSSCCSSCCCSSSSSSSCCCSCCCSCCSSSSCCCCCCCCSSSCCCSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCTTCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCCCSCCCCCCSSSTTTCSSCCSSCCSCCCSCSSCSSSCSCCSCCCCCSCCCSSSCSSSSCSSCSSSCCSCSCSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCTTSSCCCSSSSSSSCCCCTTCCSCSSSCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCCSSCCSCCCCSCSSSSCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCTTSCCCCCCCCCSSCCSCSSTTTSSSCCSSSSCSSCSSSCSSCCCCCCSCCCCSSSCCCCSCSCCCCSSSTTCCCSCCSSSCSSCCSCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSCCSCCSCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSSSSCCSCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSSGGGCSCCCCSSSCSCCCCSSSCCSCSSSCCSSCSSSCCCCCCCCCCTTCCCSCCCCCCCCCCCCCCSSTTSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSCCSCCCSSCCCSCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCSCSSCCSCCCSSSSCSCCCCCCCCCSSCCSCCCSCSSSCCCCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSSSCCSSCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSCCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCTTTSCCCSSSCCSSSBTTBCCSSSCCSCCSSCCCCSSCCSSSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSSCSSCCSSSCCSCCCCCCCCSCCCTTCSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCSSCCCSCCCCSSSCSCCCCCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCCCSSSSCSCCCCCCSSSSSSCCCCSSSSSSCCCSSCCCSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCCCCSSCCCCCBSSSSCCCCSSSSSSCCSCCSSCCCCCCSCCSSTTCCCCCCSCSTTCCSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSSSCCSSSSSSCCSSSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCSTTCCCCCCSSSCCCCSCCSCCCCCCSSSTTCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSCSSCSCCTTSSSCCSSSCCCSSCSSSSSCCCCSSCCSCCCCSSCCCSSCSSCCSCCSCCCCSSCCCCCSSSSCCTTCSCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSSSCCSCSSCSCSSSSTTCSSCCSCCCCCSCCCCSCCCCCSSCSCCCSSSSSCCCCCSCSSCCSSCSSCCSSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCCCSSCCCTTCCSCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSCSSCSSCSCCSSCCCCSCCCCSCSSSCCCTTCCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCCCCSSSCCCSSSCCSSSCSSCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCSSCCCSSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSSTTTCCCCSCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSCCCCCSCCCSCSSCCSCCSSCCSCCSCCCCSCCSSCSCCCSSCCSCSSSCCCCSSSSCSSCSSSSCSSCSSSCSCSSCCCCCCCSSSSSCSSSCCCCCCCCCCSCSCSSCCSSSCCCSSCCCSSCSCSSSCCCCCSSSCCSSSSSCCSSCCSCCCCTTCSCSSCSSCSSCCSSSTTSCCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCTTSCSSCSSSSSSSCCCSSCCSSCCCCCSSCSSSSSCCCCCCCCSCCCCCCTTSCSSSSCSSCSSSSCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCSSCCSSTTCSCCTTTTSCCCCSCCCCSSSTTCCCCCSSSCCSCSCCCSSCCSSCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCBCSSSCCSCSCCCSCCCCSCSSCCCSSCCCCCCSCCCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSSSSSCSSCSSSSCCCCCCSCSCCCCSSCBSSSSCCCCCSSSCCSSSCSSSSCCCCCSSSCCCTTSSCSSSCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCTTSCCCSCCCCSSSSCCCCSSCSSSSCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSSSCCCCSCCSCCSCCCSCCSSCSCCCSCCCCSCSCCCCSSCCSCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCSSCSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSSCSSSCCSCSSSCSSSCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCSTTTSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCSSSSSCSSSCCCCSCCCCSTTTCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCSSCCSSSCSCCCCSSSSSCCCSSSSCCSCCCCSSSCCSSSSCCCCSSTTCCSCCCCCCCCCSSSCCCTTSSSCSCCCCSSCCSSCSCSCCSSCCCCCCSSSSCSTTSCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSSCSCCCSSCSSCCSSSSCCCCCCSCCCSSSCCCCCCSSSCSSCCCSSCSSCSSCCCCCSCCSCCCSCCCCSSSCCCSSCCCCCSSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCSCCCSSCCSSSCCCCSCCCCSSSSSSCSCCSSSCCCCSSCSSCCSCSCCCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCSSSSCCSSSSSSSSSCCSCCSCCCCSCCSCCCSSSSSSCCSCCSSSCCCSCCCCSSSCCSSCSSSCCCCCCCSCSSCCSCSSCCCCSSCCSSCSCSSCSSSCCSSSSSSCCSSSSSCCCSSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSCSSCCSCSSSCCSCSCCCSSSCCCCSSTTSCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCTTSSCSSCSSSSCCCCCCCCSCSCSSCCCSCCCSCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCSSCCSSCCCSCCCSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCCCSCCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSCCCSCSCCSSSCSCCCCCCSSSCCCCCSSCCTTSCCCCSSCSCCCSSSCSCCCCSCCSCCSSSCCCSSCSCSCSCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCSSCCSSCCCCSSCCCSSSCCCSCCSSSSCCSSCSSCSSCCCCCCCCSCSSCCCCCCCCSCCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSCCTTSSSCSSCSSSCCCCCSSCSCSCCCCSSCSSCCSSCSSCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSCCCCSTTSCSCSCCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSCSCCCCCCSSCCCCCSSCCSCSSSCCSSCSCCCCCSCCCCCCCSSTTCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCCSSTTSSSSCCCCCTTCCCSTTCCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCSSCSSSSSSSCCCSSSSSCSSCCCCCSCCCSCSSCSSTTCSSSCCCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCCCSCCSSCCCCSCSCCCCCCCCCSCCCSSCCSCSCSSSCCSCCCCSCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCSSSCSSCCCCCSCCCSSCTTCCCCCCSSCCCCCCSCSSSSSCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCSSCCBSSCCCCTTSSSCCCCCCSCCCCSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSCCSSSSSSCCCCSCCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSTTCCCCCCSSCSSSSCCCCCCSSCSCCSSSCCCSCCCCCCSSCSSSCSSCCSSSCCTTSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCSSSCCSSSCCCCCSSSCCCCCSSCSSCSCCCCSSSCSSCCCCSCSSCCCCCSSCSSSCSSSSCCCCCCCSCCSSSCCSCCCCCCCCSSCCSCCCCSSCCCCCSSCCCCCCCSCCSCCCSSSCSSSCCCCSSCCCSSCCSSSSCSSSCCCCCCSSSSCCCCCSCCCSSSCCSSCCCSCSCSSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSSCSCSSSCCCTTSSSSSSCCCSSSSSSCCCCSCCCCSCSSCCCSSSCSSCCCCCCCCCSCSCCCCCCSSCCCCCSCCCSSSCCCSSSCSSCCSCSCCCCCCCSSCCCCCSSSSTTCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCSSSSSCCCSCSSSTTTCCCCCCSSSSSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCCCCSCSSSSCSSSCCCCCSSCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSCCCCCSCSSCCSTTCSCCSSTTTCTTCCCCSSCSCSSCTTSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCSSCCCSSCCCCSSCSSSSCTTTTCCSCSCSCCSSCCCSSSCCCCCCCSCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCSCCSCCCSCCCCCCCCCCSSSCSCSSSCSCCCSTTCCSCCSCCSCCSSCSSCCSSSSSTTCCCSSSCSSSSCSSSSCSSSSCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCSCSSSCCCCCCSSSSCCCSSSSCSCCCCSSCCSSTTCSSSCCCSCCCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCSCCCSSSSCCSCCCCCCCCCCSSSSCCSTTCSSCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSCSCCSSCCSCCCCSSSSCCSCCSSCCCCCSSSSCCSSSSSSSCCSSSSSCSSCSCCCSSCCCCCSCSSSSSSSSSCSCCSSCCSSCCSSSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCSSSSSSSCCCSSCCCCCSSCSCCSCSCSSCSCCCCCSSSSCSCCSSSSCSSCSSCCCCSSCSSCSSCCSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCSSCSCCCTTSSSSCCCCSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCSSCCSSCTTCSSSSSCSSTTSSCCCCSCCCCSSSCCSSCSCCSCSCCCSCSSSCCCCCSCCCCCSSCCCCSCCCSSTTCCCCSSCCCCCCCBTTBCSSSCCCCSCCCCCCCSSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSCCCCCCCSCCCSCSSSCCCCSCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCSSSSSCCCCSCCCCCTTCSSCCSSSSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCSSCSSCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSSCCCCCCCSCCSCCSCSCSCCCSSSCCCCCSCCCSCCTTSCCSCCCCCCSCCSSSCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSCSCCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCSCCCCCCSCSSSSSCSSCCCSSCCSCCCCSCCSSTTSSCSCSCCCSSSCTTCCCSSCSSCCCCSCCCSSCCCSSSCSSSCSSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCSCCCCCCCSCCSCCCCCCSSCSCSSSSSCCCSCCSCCSSCSCSCSSCCCCSCCSTTSSSCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCCCCCSCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCSCTTCCCCSCSSSSSSSSCSSCSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCCSSSCCCCSSSSSSSSCCCCCCCSSCCSCCCCSCCCCSSSSSSCSSCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCSCSCCCCCSSCSSCSCCSSSCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCCCSSSSSCCSCCCSSSSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCSCSSSCCCCCCCCCSCCSSGGGCTTCCCCCCCCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSCCCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCCCCCCSCSSSSCCCSSSCCCSCSSSCCSSSSSSCCCSSCSCSSCCCCSSCSSCCCCCCCSCSSCCSCTTCCSCSCSSSCCSSCCCCCCCCCCSCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSSSSCCSSSCCCCSSSCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCSSCSCCCSCCSSCSCSTTSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSCCCCCCSCCCCSCCSSSCSCSSCCCCCSSSCCSCCSCCSSSCCCCCSCSCCCSCCCCSSCCSSSCSSCCCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCCCSCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCSCSSCCSSSSSSSCCCCCCCCCSSCSSSCSCCSSSCSCCCCCSSSSCCSSCCSCSSSSSSSCSCCCSSSSCCSCSCCCCCCCCCSSSSCSSSCSSCCSCCCCCSCCSCSSCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCSCCCSSCCSSCSSSSCCSCCSCCCCCCCCCCSSCCSTTCCCTTSCCCSSCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSSSSSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCSSCSCCCCCCCCCSCCCSSSCSCCCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSTTSCSCCCSSCCCSCCCTTTTTSCCCCCSSCCSCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCSSSCCCCSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCCCCSCSCCCCCSCCCSSCSSCCSSSCCSCCCSSCSSCCCSSSSCCCCCCSSSSSCSSCCSSCCCCCSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCSSCSSCSCCSCCCCCCCCSTTTTSSCCCCCSSCCCSCCCCCSCCGGGCSSCCCCCSSCCCCTTCSCSSSCSSSCSSCCSSCCCSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCSSCCCSSSCCCCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCCCCSSSCCCSCCSCCCCSSSCCCCCSSSCCSSSCCCSCSSSCSCCSSCSSCSSSSCCCSTTCSCSSCCCCSSSCSSSCCCCCSSSCCSCCCCCCSCCCCSSCCSSCCSSSCCCSSSCCSCSSCCCCCCCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCCCCTTCSSSSCCSSSSSSCCCCCSSCSCCCSCCCCSSSTTCSCSSCCCSSCSCCCSSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCCSCCCSCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCSCCCCSSCSSCCCCCCCSSCCSCCSCCCCCCSTTTCSTTCCSSSCSCCSSSCSCCCSCSSCCSSCSCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCSCCCSCCSSSSCSCCCCSSCCCCCSSCSSCSSSSCCSSCCCCCCCCCCCTTTCCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSSSCCSCCSSCCCCCSSSCCCSCSCSCCCCTTCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCSCCCCCCCSSSCCSSSCSSCSSSCSCSSSCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCTTSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSCCSCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCSSCSSSCCCSSSSTTSCSCCCCSSCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSCCCSSCCCCCSSSSCCSCCCCCCCCCSSSSCCCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCSSCSSSCSCCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCSCCSCSSSCCSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSSCSCCCSSSSCSSSSSSCCCCCCCSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCSSCSSSSSCCCSSCSCCCCCSSCSCSSCCSSSCCCCSCSSCSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSSSCCCCCSSCCSCCCSSCCCSSCCSCSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSCSCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSCCSSCCCCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSCSCCSCCSSSSSCCTTCCTTCCCSSCCCCCSSCSCCCCSCCSSSSCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSCSCCSSSCCSSSCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSSCCCSCSCCCCCC
; Pleas cite the following papers:
; Souza, P C T; Alessandri, R; Barnoud, J; Thallmair, S; Faustino, I; Grünewald, F; Patmanidis, I; Abdizadeh, H; Bruininks, B M H; Wassenaar, T A; Kroon, P C; Melcr, J; Nieto, V; Corradi, V; Khan, H M; Domański, J; Javanainen, M; Martinez-Seara, H; Reuter, N; Best, R B; Vattulainen, I; Monticelli, L; Periole, X; Tieleman, D P; de Vries, A H; Marrink, S J; Nature Methods 2021; 10.1038/s41592-021-01098-3
[ moleculetype ]
molecule_0 1
The molecules are not connected. I tried with the martini2 version and it worked correctly. But for martini3 it shows like this.
Please Log in or Create an account to join the conversation.
Time to create page: 0.082 seconds